拓扑之匣主要出现在因果观测副本当中，开启拓扑之匣需要先清理乱流之隙的怪物，解锁全息操作台移开集装箱障碍物，靠近宝箱交互即可开启，宝箱分为红色和金色两种，金色拓扑之匣奖励更为丰厚。

进入因果观测棋盘地图后，操控弥弥尔沿着格子进行探索，当发现被集装箱封堵的通道，后方摆放着拓扑之匣宝箱时，先在集装箱周边搜寻紫色发光的乱流之隙，紫色裂隙位置不固定，大多分布在宝箱左右两侧或者上方区域。移动角色到紫色裂隙格子上，触发战斗关卡，清理全部刷新出来的怪物，怪物难度和当前探索层数挂钩，层数越高敌人战力越强，搭配常规输出阵容即可通关。战斗结束之后，场景里会刷新出全息投影操作台，操作台会发出淡淡的荧光，靠近操作台，脚下会出现黄色高亮区域，站进光圈内激活操作台机关。

机关激活完成后，场景上方的机械吊臂会自动启动，吊起挡路的集装箱并平移挪开，原本封闭的道路就可以正常通行。此时直接走到拓扑之匣宝箱位置，点击宝箱交互按键就能开启宝箱，开启后可以获得艾因索菲币、刻印碎片、启示录等养成材料，金色拓扑之匣额外产出高级刻印碎片，是日常刷刻印养成材料的重要途径。部分关卡会出现两个集装箱并排阻挡道路的情况，单个乱流之隙只能移动一个集装箱，需要寻找第二个紫色裂隙，再次通关战斗解锁第二个操作台，依次移开障碍物才能拿到宝箱。

探索过程中存在不少容易卡关的细节，集装箱不能手动推动，只能依靠操作台机关移动，没有操作台的情况下无论如何都无法挪开箱子。部分隐藏拓扑之匣位置偏僻，不在主路线上，需要玩家主动往边角格子探索。如果打完乱流之隙没有刷新操作台，说明当前裂隙不是对应宝箱的触发点位，需要更换附近另一处紫色裂隙挑战。每次探索因果观测尽量清空全部乱流裂隙，避免漏掉隐藏宝箱，把整张地图探索度拉满，一次性拿完全部拓扑之匣奖励，减少重复刷本消耗的时间。熟悉机制之后，可以优先标记宝箱方位，顺着宝箱方位去找乱流裂隙，不用漫无目的遍历整张棋盘，大幅提升刷材料的效率。